Evrimciler, bakterilerin bazı antibiyotiklere direnç göstermeye başlamalarını da evrime delil olarak gösterirler. Söz konusu direnç şöyle oluşur: Bakteriler belli bir ilacın etkisine maruz kaldıklarında, ilaca dayanıksız varyasyonlar yok olur; dirençliler ise hayatta kalır ve daha fazla çoğalma imkanına kavuşurlar. Bir süre sonra, aynı bakteri türü yalnızca söz konusu antibiyotiğe dirençli olan bireylerden oluşmuş bir koloni haline gelir. Görüldüğü gibi antibiyotik direncinin genetik bilgisi bakterinin DNA'sında en baştan beri bulunmaktadır. Yani bu direnç tesadüflerle ortaya çıkmış, sonradan kazanılmış değildir.